داستان انیمیشن درباره تهدید شهر مترو سیتی و سلطنت مگامایند است. زمانی که تیم شرور بدنام، معروف به (The Doom Syndicate)، دوباره ظاهر می‌شود و تهدید می‌کند که شهر را در هرج و مرج فرو خواهد برد، مگامایند باید ظاهر شیطانی خود را حفظ کند تا بتواند دوستان خود را جمع کند و از پرتاب شهر به ماه از طریق هم تیمی های شرور سابق خود، جلوگیری کند.
